Возврат уплаченного НДФЛ при покупке квартиры

В 2016 году было 2 места работы (официально). По первому месту работы был филиал от московской компании, ликвидировался в моем городе, а головной офис в Москве остался.21.02.2017г. был направлен пакет док-ов в ИФНС на возврат НДФЛ за 2016 го (составлена декларация 3-НДФЛ по данным справок 2-НДФЛ от двух организаций). 23.05.2017 (через 3 мес и 2 дня) поступил звонок от налогового инспектора, что по первому месту работы не могут найти подтверждение уплаты организацией моего налога, якобы организация не сдала отчетность за 2016 год, а сейчас данная организация ликвидирована. Ищите сами эти данные, сообщайте нам и тогда мы будем со своей стороны делать запросы. Созвонилась с головной компанией, бухгалтер сообщила данные о сдаче необходимой отчетности. Всю инормацию передала налоговому инспектору, но они все равно не могут найти данных по отчетности.

07.06.2017 г. мне зачислили денежные средства согласно поданной декларации (с учетом двух справок 2-НДФЛ). 07.06.2017г. опять звонит налоговый инспектор и сообщает, что данные не подтвердились, и должна вернуть денежные средства по первой справке 2-НДФЛ. Рекомендует подать уточненную декларацию 3-НДФЛ с учетом только справки 2-НДФЛ со второго места работы.Официально никаких писем или требований не было. Что делать?