Здравствуйте,
Действительно, в 2014 году при выдаче паспортов нового поколения (биометрических) имена и фамилии стали писать в соответствии с международными стандартами, утвержденным ИКАО и в гласных «я», «ю», «е» и т.п., для перевода которых использовалась латинская «y» и вторая соответствующая буква ( «я» = «ya», «ю» = «yu» и т.д.) теперь применяется «i».
При этом, всем желающим по соответствующему заявлению, может быть внесено написание фамилии, имени из старого паспорта или иного документа.
Приказ ФМС России от 26.03.2014 N 211 (ред. от 02.02.2015) «Об утверждении Административного регламента предоставления Федеральной миграционной службой государственной услуги по оформлению и выдаче паспортов гражданина Российской Федерации, удостоверяющих личность гражданина Российской Федерации за пределами территории Российской Федерации, содержащих электронный носитель информации» (Зарегистрировано в Минюсте России 21.07.2014 N 33189)
28.1.8. Заявление (произвольной формы) с приложением документов (паспорт, вид на жительство, виза, свидетельство о рождении, свидетельство о браке) (в случае необходимости внесения сведений о владельце паспорта нового поколения буквами латинского алфавита в соответствии с представленными документами).
Поэтому нет никакой обязанности чтобы написание имени в Вашем дипломе соответствовало написанию имени в загранпаспорте.