Здравствуйте,
Если ИП НДС не выделял, то и платить ООО НДС в бюджет не нужно.
Даже если в договоре стоимость указана «с НДС», при оплате заказчик выделил сумму НДС в платежке, но поставщик на УСН счет-фактуру не выставил, платить НДС в бюджет не надо (п. 5 ст. 173 НК РФ, письмо ФНС России от 8 ноября 2016 № СД-4-3/21119@).
Но может быть ситуация, если выделил ошибочно или по просьбе покупателя.
Таким образом, в случае, если поставщик, применяющий упрощенную систему налогообложения, выставил покупателю счет-фактуру с выделенной суммой налога на добавленную стоимость и при этом соблюдены все вышеперечисленные условия, то вычет сумм налога на добавленную стоимость применяется в общеустановленном порядке. При этом следует отметить, что в соответствии с пунктом 5 статьи 173 Кодекса вся сумма налога на добавленную стоимость, указанная в таком счете-фактуре, подлежит уплате поставщиком, применяющим упрощенную систему налогообложения, в бюджет.
Письмо Минфина России от 11.07.2005 № 03-04-11/149
[О вопросе применения налогового вычета по налогу на добавленную стоимость на основании счета-фактуры, выставленного с выделенной суммой налога на добавленную стоимость поставщиком товара, применяющим упрощенную систему налогообложения]