Сотрудник умер в командировке, как быть с задолженностью по авансу, выданному на командировку?

в данной ситуации вам необходимо уведомить о наличии задоженности родственников и нотариуса.

Наследство это не только активы, но и пассивы.

Так что через 6 месяцев когда наследники вступят в наследство, вы вправе потребовать от них погашения задолженности по командировочным расходам, а они должны отчитаться.

в противном случае вы можете обратиться в суд для взыскания долга.

В течение этого времени вы ничего не можете сделать, кроме как хранить локументы подтверждающие ваше обращение к родственникам и нотариусу. Если вы бюджетная организация то уведомьте о данном факте вышестоящее руководство приложив все документы.

Если вы коммерческая организация то сумму командировочных можете указать как траты, а после возврата денег как прибыль

Здравствуйте, Алла.
Обязательство прекращается смертью должника, если исполнение не может быть произведено без личного участия должника либо обязательство иным образом неразрывно связано с личностью должника (п. 1 ст. 418 Гражданского кодекса РФ).
А вот как это отразить в бухгалтерских документах, лучше спросить у бухгалтеров.