Здравствуйте, Алексей Ильич!
Если «налоговая не знает о таком работнике» — это означает, что данное лицо не строит на регистрационном учете в налоговом органе (т.е. не имеет ИНН).
Работник должен получить ИНН.
Что касается работодателя.
Заключенный ТД, считаю необходимо расторгнуть. После присвоения ИНН иностранному гражданину заключить новый ТД с этим гражданином.
Далее соблюсти обязанности работодателя по уведомлению о привлечении иностранного гражданина (ИГ) к трудовой деятельности.
Согласно п. 8 ст. 13 ФЗ от 25.07.2002 N 115-ФЗ (ред. от 17.04.2017) «О правовом положении иностранных граждан в Российской Федерации»
Работодатель обязан уведомить УВМ МВД:
1. о заключении трудового договора с ИГ;
2. о расторжении трудового договора с ИГ.
Срок подачи уведомления — не превышающий 3-х рабочих дней
Начало исчисления срока подачи уведомления — дата заключения или прекращения (расторжения) договора.
Способы направления уведомления:
1. на бумажном носителе
2. на электронном носителе (через портал госуслуг
мвд.рф/Deljatelnost/emvd/guvm/%D1%82%D1%80%D1%83%D0%B4%D0%BE%D0%B2%D0%B0%D1%8F-%D0%B4%D0%B5%D1%8F%D1%82%D0%B5%D0%BB%D1%8C%D0%BD%D0%BE%D1%81%D1%82%D1%8C)
Ответственность работодателя.
За не уведомление или нарушение установленного и(или) формы уведомления в установленный срок предусмотрена адм. ответственность согласно ч. 3 ст. 18.15 КоАП РФ в виде — наложения адм. штрафа:
на граждан в размере от 2000 до 5000 рублей;
на должностных лиц — от 35000 до 50000 рублей;
на юридических лиц — от 400000 до 800000 рублей
либо административное приостановление деятельности на срок от 14 до 90 суток.
Желаю удачи!
Да, разумеется. ИНН у него есть, в отчетности 2-НДФЛ он указан.