Татьяна, приветствую!
Факт исполнения обязательств по гос.контракту обычно подтверждается способом, указанным в самом контракте. Чаще всего если речь идет о поставке — это накладная и акт об исполнении контракта. Пока эти документы не подписаны, контракт не считается исполненным и электронная переписка здесь совершенно ни при чем.
Другое дело, что, возможно, вы пытаетесь поставить товар, соответствующий условиям гос.контракта, а заказчик без установленных законом или договором оснований его не принимает.
Обязанность покупателя принять товар, соответствующий условиям контракта, предусмотрена ст. 513 ГК РФ.
Если он этого не делает, действует ч. 3 ст. 484 ГК РФ:
3. В случаях, когда покупатель в нарушение закона, иных правовых актов или договора купли-продажи не принимает товар или отказывается его принять, продавец вправе потребовать от покупателя принять товар или отказаться от исполнения договора.
Контракт уже заключен на электронной площадке. Интересует уже конкретный момент согласования после заключения.
Суды принимают обычно подобную переписку в качестве доказательства возникновения договорных отношений, но стороны зачастую сталкиваются с трудностями в части доказывания того, кто направлял сообщения и кто на них отвечал — не всегда это получается установить с достоверностью.