Как правильно оформить передачу исходного кода IT системы и зафиксировать договоренности?

Такие вещи обсуждаются на уровне статей договора о найме или о передаче работ(явное указание на принадлежность прав). Если его нет, разработка является собственностью разработчика, а заказчику исполнитель вправе передать компиляцию без права изменения

Если в договоре про передачу исходного кода ничего не указано, то компания-разработчик обязана передать его приобретателю. Если в договоре прямо указано, что компания-разработчик не передает исходный код на программу, то договор является лицензионным. В силу п. 1 ст. 1234 ГК РФ по договору об отчуждении исключительного права передается исключительное право на результат интеллектуальной деятельности или на средство индивидуализации в полном объеме. Договор, предусматривающий отчуждение права использования результата интеллектуальной деятельности или средства индивидуализации, но в то же время вводящий ограничения по способам использования соответствующего результата или средства либо устанавливающий срок действия этого договора, с учетом положений ст. 431 Кодекса может быть квалифицирован судом как лицензионный договор (п. 13.1 Постановления Пленума В. С. РФ, Пленума ВАС РФ от 26.03.2009 № 5/29).