Можно ли в договоре указать договорную подсудность в районах города по выбору сторон?

Да, можете, но с учетом ст. 26, 27, 30 ГПК РФ.

Посмотрите, если ваш случай не попадает под указанные случаи, то можете.

Статья 26. Гражданские дела, подсудные верховному суду республики, краевому, областному суду, суду города федерального значения, суду автономной области и суду автономного округа

1. Верховный суд республики, краевой, областной суд, суд города федерального значения, суд автономной области и суд автономного округа рассматривают в качестве суда первой инстанции гражданские дела:
1) связанные с государственной тайной;

9) предусмотренные главой 45 настоящего Кодекса.

2. Федеральными законами к подсудности верховного суда республики, краевого, областного суда, суда города федерального значения, суда автономной области и суда автономного округа могут быть отнесены и другие дела.

3. Московский городской суд рассматривает в качестве суда первой инстанции гражданские дела, которые связаны с защитой авторских и (или) смежных прав, кроме прав на фотографические произведения и произведения, полученные способами, аналогичными фотографии, в информационно-телекоммуникационных сетях, в том числе в сети «Интернет», и по которым им приняты предварительные обеспечительные меры в соответствии со статьей 144.1 настоящего Кодекса. В случае рассмотрения Московским городским судом дела, производство по которому было возбуждено по иску истца после вступления в законную силу решения, вынесенного этим же судом в пользу этого же истца по другому делу о защите авторских и (или) смежных прав в информационно-телекоммуникационных сетях, в том числе в сети «Интернет», Московский городской суд также разрешает вопрос о постоянном ограничении доступа к сайту в сети «Интернет», на котором неоднократно и неправомерно размещалась информация, содержащая объекты авторских и (или) смежных прав, или информация, необходимая для их получения с использованием информационно-телекоммуникационных сетей, в том числе сети «Интернет».

Статья 27. Дела, подсудные Верховному Суду Российской Федерации

Подсудность дел Верховному Суду Российской Федерации определяется Федеральным конституционным законом от 5 февраля 2014 года N 3-ФКЗ «О Верховном Суде Российской Федерации».

Статья 30. Исключительная подсудность

1. Иски о правах на земельные участки, участки недр, здания, в том числе жилые и нежилые помещения, строения, сооружения, другие объекты, прочно связанные с землей, а также об освобождении имущества от ареста предъявляются в суд по месту нахождения этих объектов или арестованного имущества.

2. Иски кредиторов наследодателя, предъявляемые до принятия наследства наследниками, подсудны суду по месту открытия наследства.

3. Иски к перевозчикам, вытекающие из договоров перевозки, предъявляются в суд по месту нахождения перевозчика, к которому в установленном порядке была предъявлена претензия.