Как быть, если забрали телефон без составления протокола, а сам телефон находится у работодателя?

Нет, это незаконно и возможно директором совершено самоуправство. Советую обратиться в полицию согласно

Федеральный закон от 07.02.2011 N 3-ФЗ (ред. от 03.07.2016, с изм. от 19.12.2016) «О полиции» (с изм. и доп., вступ. в силу с 04.07.2016)Статья 12. Обязанности полиции

1. На полицию возлагаются следующие обязанности:
1) принимать и регистрировать (в том числе в электронной форме) заявления и сообщения о преступлениях, об административных правонарушениях, о происшествиях; выдавать заявителям на основании личных обращений уведомления о приеме и регистрации их письменных заявлений о преступлениях, об административных правонарушениях, о происшествиях; осуществлять в соответствии с подведомственностью проверку заявлений и сообщений о преступлениях, об административных правонарушениях, о происшествиях и принимать по таким заявлениям и сообщениям меры, предусмотренные законодательством Российской Федерации, информировать заявителей о ходе рассмотрения таких заявлений и сообщений в сроки, установленные законодательством Российской Федерации, но не реже одного раза в месяц; передавать (направлять) заявления и сообщения о преступлениях, об административных правонарушениях, о происшествиях в государственные и муниципальные органы, организации или должностному лицу, к компетенции которых относится решение соответствующих вопросов, с уведомлением об этом в течение 24 часов заявителя; информировать соответствующие государственные и муниципальные органы, организации и должностных лиц этих органов и организаций о ставших известными полиции фактах, требующих их оперативного реагирования;