Как сохранить регистрацию в муниципальной квартире при длительном отсутствии и избежать выписки?

Они могли выписать Вас, т.е. главный наниматель, если выписали, то и могли приватизировать без согласия. Попросите копию догоовра социального найма, там должны быть указаны все родственники имеющие отношение к этой квартире.

Статья 677. Наниматель и постоянно проживающие вместе с ним граждане

1. Нанимателем по договору найма жилого помещения может быть только гражданин.
2. В договоре должны быть указаны граждане, постоянно проживающие в жилом помещении
вместе с нанимателем. При отсутствии в договоре таких указаний вселение этих граждан
производится в соответствии с правилами статьи 679 настоящего Кодекса.
Граждане, постоянно проживающие совместно с нанимателем, имеют равные с ним права
по пользованию жилым помещением. Отношения между нанимателем и такими гражданами
определяются законом.
3. Наниматель несет ответственность перед наймодателем за действия граждан, постоянно
проживающих совместно с ним, которые нарушают условия договора найма жилого помещения.
4. Граждане, постоянно проживающие вместе с нанимателем, могут, известив наймодателя,
заключить с нанимателем договор о том, что все граждане, постоянно проживающие в жилом
помещении, несут совместно с нанимателем солидарную ответственность перед наймодателем. В
этом случае такие граждане являются сонанимателями.
Статья 678. Обязанности нанимателя жилого помещения
Наниматель обязан использовать жилое помещение только для проживания, обеспечивать
сохранность жилого помещения и поддерживать его в надлежащем состоянии.
Наниматель не вправе производить переустройство и реконструкцию жилого помещения без
согласия наймодателя.
Наниматель обязан своевременно вносить плату за жилое помещение. Если договором не
установлено иное, наниматель обязан самостоятельно вносить коммунальные платежи.
Статья 679. Вселение граждан, постоянно проживающих с нанимателем
С согласия наймодателя, нанимателя и граждан, постоянно с ним проживающих, в
жилое помещение могут быть вселены другие граждане в качестве постоянно проживающих с
нанимателем. При вселении несовершеннолетних детей такого согласия не требуется.
Вселение допускается при условии соблюдения требований законодательства о норме общей
площади жилого помещения на одного человека, кроме случая вселения несовершеннолетних детей.

Подскажите что я могу сделать чтобы официально они не смогли меня выписать оттуда. Может мне самому оплачивать за себя коммунальные платежи (узнав номер лицевой в паспортном столе). Какие еще есть варианты?

Именно так и следует поступить, участие в расходах на коммунальные услуги уже создает препятствия для удовлетворения иска, кроме того, желательно, чтобы в квартире находились Ваши вещи. Вообще выписать из муниципальной квартиры достаточно проблемно, Вам нужно вести речь о том, что Ваш выезд имел временный характер доказательства этому будут ваши вещи и оплата коммуналки, единственная проблема это Ваша работа в море, так как могут провести всё без вашего участия и вынести заочное решение, а вы об этом в принципе не узнаете или узнаете месяца через 3-4 «постфактум», потом придется отменять заочное решение и т.д… Наличие у Вас иного жилья автоматически не лишает Вас права на проживания в муниципальной квартире.

Постановление Пленума Верховного Суда Российской Федерации от 2 июля 2009 г. N 14 г. Москва от «О некоторых вопросах, возникших в судебной практике при применении Жилищного кодекса Российской Федерации»
26. Обратить внимание судов на то, что, по смыслу находящихся в нормативном единстве положений статьи 69 ЖК РФ и части 1 статьи 70 ЖК РФ, лица, вселенные нанимателем жилого помещения по договору социального найма в качестве членов его семьи, приобретают равные с нанимателем права и обязанности при условии, что они вселены в жилое помещение с соблюдением предусмотренного частью 1 статьи 70 ЖК РФ порядка реализации нанимателем права на вселение в жилое помещение других лиц в качестве членов своей семьи.
32. При временном отсутствии нанимателя жилого помещения и (или) членов его
семьи, включая бывших членов семьи, за ними сохраняются все права и обязанности по договору социального найма жилого помещения (статья 71 ЖК РФ). Если отсутствие в жилом помещении указанных лиц не носит временного характера, то заинтересованные лица (наймодатель, наниматель, члены семьи нанимателя) вправе потребовать в судебном порядке признания их утратившими право на жилое помещение на основании части 3 статьи 83 ЖК РФ в связи с выездом в другое место жительства и расторжения тем самым договора социального найма.
Разрешая споры о признании нанимателя, члена семьи нанимателя или бывшего члена семьи нанимателя жилого помещения утратившими право пользования жилым помещением по договору социального найма вследствие их постоянного отсутствия в жилом помещении по причине выезда из него, судам надлежит выяснять: по какой причине и как долго ответчик отсутствует в жилом помещении, носит ли его выезд из жилого помещения вынужденный характер (конфликтные отношения в семье, расторжение брака) или добровольный, временный (работа, обучение, лечение и т.п.) или постоянный (вывез свои вещи, переехал в другой населенный пункт, вступил в новый брак и проживает с новой семьей в другом жилом помещении и т.п.), не чинились ли ему препятствия в пользовании жилым помещением со стороны других лиц, проживающих в нем, приобрел ли ответчик право пользования другим жилым помещением в новом месте жительства, исполняет ли он обязанности по договору по оплате жилого помещения и коммунальных услуг и др.
При установлении судом обстоятельств, свидетельствующих о добровольном выезде ответчика из жилого помещения в другое место жительства и об отсутствии препятствий в пользовании жилым помещением, а также о его отказе в одностороннем порядке от прав и обязанностей по договору социального найма, иск о признании его утратившим право на жилое помещение подлежит удовлетворению на основании части 3 статьи 83 ЖК РФ в связи с расторжением ответчиком в отношении себя договора социального найма.
Отсутствие же у гражданина, добровольно выехавшего из жилого помещения в другое место жительства, в новом месте жительства права пользования жилым помещением по договору социального найма или права собственности на жилое помещение само по себе не может являться основанием для признания отсутствия этого гражданина в спорном жилом помещении временным, поскольку согласно части 2 статьи 1 ЖК РФ граждане по своему усмотрению и в своих интересах осуществляют принадлежащие им жилищные права. Намерение гражданина отказаться от пользования жилым помещением по договору социального найма может подтверждаться различными доказательствами, в том числе и определенными действиями, в совокупности свидетельствующими о таком волеизъявлении гражданина как стороны в договоре найма жилого помещения.

Может ли моя мама приватизировать квартиру без моего согласия и отдать ее в собственность моей сестре??

Нет не сможет, если вы еще прописаны, вы либо должны отказаться от приватизации, либо дать согласие.

Ситуация у Вас откровенно говоря спорная, как суд посмотрит на Ваше 5 летнее отсутствие и не участие в расходах, квартиру в ипотеке и новую семью сказать сложно, может и выписать, а может и отказать. На почту ответить не можем, так как у нас Ваша почта не отображается.

При указанных обстоятельствам и по действующему законодательству Вы не можете быть сняты с регистрационного учета с указанной квартиры по решению Вашей матери, поскольку она не является собственником данного жилого помещения.

Ваша мать может приватизировать квартиру и по договору дарения передать Вашей. В приватизации Вы также можете участвовать, как лица, проживающее в данном жилом помещении на законном основании