Может ли работодатель взыскать из зарплаты штраф за прогул?

Добрый день. Договор не может противоречить ТК РФ. Противоречащие ему положения не могут применяться. Поэтому если штраф будет его нужно будет обжаловать

Статья 9. Регулирование трудовых отношений и иных непосредственно связанных с ними отношений в договорном порядке
В соответствии с трудовым законодательством регулирование трудовых отношений и иных непосредственно связанных с ними отношений может осуществляться путем заключения, изменения, дополнения работниками и работодателями коллективных договоров, соглашений, трудовых договоров.
Коллективные договоры, соглашения, трудовые договоры не могут содержать условий, ограничивающих права или снижающих уровень гарантий работников по сравнению с установленными трудовым законодательством и иными нормативными правовыми актами, содержащими нормы трудового права. Если такие условия включены в коллективный договор, соглашение или трудовой договор, то они не подлежат применению.

Здравствуйте по ТК РФ есть только — замечание, выговор и увольнение стоит иметь в виду что за прогул есть основание к увольнению по ТК РФ.

Трудовой договор может быть расторгнут работодателем в случаях:
6) однократного грубого нарушения работником трудовых обязанностей:
а) прогула, то есть отсутствия на рабочем месте без уважительных причин в течение всего рабочего дня (смены), независимо от его (ее) продолжительности, а также в случае отсутствия на рабочем месте без уважительных причин более четырех часов подряд в течение рабочего дня (смены);