Добрый день, Татьяна!
Если решения ИФНС еще не приняты, Вам нужно подавать возражения по акту (актам) налоговой проверки.
Статья 100 Налогового кодекса
6. Лицо, в отношении которого проводилась налоговая проверка (его представитель), в случае несогласия с фактами, изложенными в акте налоговой проверки, а также с выводами и предложениями проверяющих в течение одного месяца со дня получения акта налоговой проверки вправе представить в соответствующий налоговый орган письменные возражения по указанному акту в целом или по его отдельным положениям. При этом лицо, в отношении которого проводилась налоговая проверка (его представитель), вправе приложить к письменным возражениям или в согласованный срок передать в налоговый орган документы (их заверенные копии), подтверждающие обоснованность своих возражений.
Статья 101.4 Налогового кодекса
5. Лицо, совершившее налоговое правонарушение, вправе в случае несогласия с фактами, изложенными в акте, а также с выводами и предложениями должностного лица, обнаружившего факт налогового правонарушения, в течение одного месяца со дня получения акта представить в соответствующий налоговый орган письменные возражения по акту в целом или по его отдельным положениям. При этом указанное лицо вправе приложить к письменным возражениям или в согласованный срок передать в налоговый орган документы (их заверенные копии), подтверждающие обоснованность возражений.
Если решения приняты, то доводы о снижении штрафов могут быть заявлены в жалобах на решения. Их следует подавать в Управление ФНС вашего региона через инспекцию, вынесшую решение.
Как лучше сформулировать доводы можно сказать только после ознакомления с документами.
В качестве смягчающего обстоятельства можно использовать то, что ИФНС не сообщила вам в рамках камеральной проверки о том, что отчетность сдается неправильно. Можете использовать при этом позиции Конституционного суда.
Определение КС от 08.04.2010 N 441-О-О
3. Камеральная же налоговая проверка… является формой текущего документального контроля за соблюдением налогового законодательства, который проводится на основе налоговых деклараций (расчетов) и документов, представленных налогоплательщиком, а также других документов о деятельности налогоплательщика, имеющихся у налогового органа. В отличие от выездной налоговой проверки, она нацелена на своевременное выявление ошибок в налоговой отчетности и оперативное реагирование налоговых органов на обнаруженные нарушения, что позволяет смягчить для налогоплательщиков последствия от неправильного применения ими налогового закона. Определение КС от 12.07.2006 N 267-О
2.2. Соответственно, налогоплательщик вправе предполагать, что если налоговый орган не обращается к нему за объяснениями или документами, подтверждающими декларируемые налоги, то у налогового органа нет сомнений в правильности уплаты налогов. Иное означало бы нарушение принципа правовой определенности и вело бы к произволу налоговых органов.