Добрый день.
Вернуть госпошлину возможно.
Посмотрите внимательно решение суда, если в нем не содержится то, что государственная пошлина подлежит взысканию или возврату вашему предприятию, то Вам необходимо обратиться в суд с заявлением о взыскании судебных расходов.
В соответствии со статьей 101 АПК РФ судебные расходы состоят из государственной пошлины и судебных издержек, связанных с рассмотрением дела в арбитражном суде.
Судебные расходы, понесенные лицами, участвующими в деле, в пользу которых принят судебный акт, взыскиваются арбитражным судом со стороны.
По смыслу приведенных нормативных положений право на возмещение судебных расходов возникает у лица, участвующего в деле, при условии, что судебный акт принят в его пользу.
Важно знать, если вы были освобождены от адм. от-ти в силу малозначительности, то в данном случае расходы вам не возместят.
Если нужна будет помощь в составлении заявления в арб. суд - обращайтесь (через эл.почту в личном профиле).