При получении материнского капитала Вы брали на себя обязательство после погашения ипотечного кредиты выделить долю несовершеннолетним детям. Соответственно, перед тем, как делить квартиру, необходимо обязательно выделить доли детям. Размер долей определяется на основании соглашения между супругами (В вашем случае выгодно делить по 1/4, если у Вас двое детей). Если соглешение недостигнуто, тогда размер определяется в судебном порядке (обычно тоже в равных долях).
После выдела доли детям, та часть которая будет оформлена на несовершеннолетних детей, разделу между бывшими супругами не подлежит.
Пример: у Вас двое детей
Определяете доли на каждого члена семьи по 1/4.
Следовательно разделу между супругами подлежит только 1/2 квартир. Больше, чем на 1/4 доли квартиры бывший супруг претендовать не сможет.