Здравствуйте, Сергей.
В случаях списания имущества с баланса муниципального учреждения необходимо смотреть нормативные-правовые акты органов местного самоуправления, которые приняты на определенной территории (территории муниципального образования).
Если там предусмотрена такая возможность, обход утилизации и не получение денег в муниципальный бюджет за реализованной в рамках утилизации имущество, то возможно то, что Вы описали.
Например, в Воскресенском районе Московской области, действуют такие нормы:
Постановление администрации Воскресенского муниципального района МО от 23.12.2013 N 2914
«Об утверждении Порядка списания муниципального имущества, относящегося к основным средствам, находящегося на балансе муниципальных унитарных предприятий, муниципальных учреждений, а также имущества, составляющего казну Воскресенского муниципального района Московской области»
4.7. На основании полученного распоряжения Администрации Воскресенского муниципального района о списании муниципального имущества учреждения, предприятия производят соответствующие бухгалтерские операции по списанию имущества с бухгалтерского учета, сдачу его в металлолом, оприходование деталей и узлов, реализацию основных средств и иные мероприятия по использованию списанного имущества.
4.8. Денежные средства, полученные от утилизации имущества, от разборки (демонтажа) имущества, находящегося в хозяйственном ведении муниципальных унитарных предприятий, поступают на счета указанных предприятий.
4.9. Денежные средства, полученные от утилизации имущества, от разборки (демонтажа) имущества, находящегося в оперативном управлении бюджетных и автономных учреждений, остаются в распоряжении бюджетных и автономных учреждений.
4.10. Денежные средства, полученные от утилизации имущества, от разборки (демонтажа) имущества, находящегося в оперативном управлении казенных учреждений, поступают в бюджет Воскресенского муниципального района на соответствующие коды доходов бюджетной классификации. Казенные учреждения в 10-дневный срок после перечисления денежных средств копию платежного поручения с отметкой банка предоставляют в Администрацию.
Если толковать эти нормы, то можно сделать вывод о том, что после списания имущество реализуется таким образом, что в муниципальное учреждение получает от этого денежные средства, которые остаются в распоряжении бюджетных учреждений.