Имеет ли право руководство предприятия оплачивать переработки по итогам года?

Здравствуйте, Марина!

Согласно ст.152 ТК РФ Сверхурочная работа оплачивается за первые два часа работы не менее чем в полуторном размере, за последующие часы — не менее чем в двойном размере. Конкретные размеры оплаты за сверхурочную работу могут определяться коллективным договором, локальным нормативным актом или трудовым договором. По желанию работника сверхурочная работа вместо повышенной оплаты может компенсироваться предоставлением дополнительного времени отдыха, но не менее времени, отработанного сверхурочно.

То есть, работодатель должен оплатить сверхурочную работу в двойном размере. Оплата не может производится по итогам года, она осуществляется за месяц в котором фактически была переработка.
Вы можете подать жалобу на действия работодателя в трудовую инспекцию.

Согласно ст.5.27 КоАП РФ 1. Нарушение трудового законодательства и иных нормативных правовых актов, содержащих нормы трудового права, если иное не предусмотрено частями 3, 4 и 6 настоящей статьи и статьей 5.27.1 настоящего Кодекса, — влечет предупреждение или наложение административного штрафа на должностных лиц в размере от одной тысячи до пяти тысяч рублей; на лиц, осуществляющих предпринимательскую деятельность без образования юридического лица, — от одной тысячи до пяти тысяч рублей; на юридических лиц — от тридцати тысяч до пятидесяти тысяч рублей.

Желаю удачи!