Уважаемый Бобояр!
П. 9 ст. 6 Федерального закона «О правовом положении иностранных граждан в Российской Федерации» предусматривает, что уведомление может быть подано и в более поздний срок, при наличии уважительных причин. Вы можете запросить в инспекции ФНС письменный отказ в выдаче справки 3-НДФЛ и при подаче уведомления приложить к нему, помимо самой справки 3-НДФЛ, этот отказ как доказательство уважительности причины пропуска срока. При этом стоит помнить, что перечня уважительных причин нет, и считать ли Вашу причину уважительной, будет решать чиновник из УФМС.