Как добиться изменений в договоре аренды, если арендодатель не учел протокол разногласий?

Здравствуйте, в данном случае составляет договор в виде единого документа, который подписывается сторонами. Применение такой процедуры как протокол согласования недопустимо. Вам необходимо согласовать все условия и внести их в договор, при этом я Вам рекомендую подписать договор аренды лишь в том случае, если Вас все устраивает в документе.

Гражданский кодекс РФ
Статья 651. Форма и государственная регистрация договора аренды здания или сооружения
1.Договор аренды здания или сооружения заключается в письменной форме
путем составления одного документа, подписанного сторонами (пункт 2 статьи 434).
Несоблюдение формы договора аренды здания или сооружения влечет его недействительность.
2. Договор аренды здания или сооружения, заключенный на срок не менее года, подлежит государственной регистрации и считается заключенным с момента такой регистрации.

Исходя из ГК РФ Граждане и юридические лица свободны в заключении договора.

Соответственно Вам остается только искать компромисс в заключении договора, если арендодатель требует договор без доп.соглашений, требуйте составить новый договор но на ваших условиях (если они не противоречат закону).

Возможно и через суд конечно но портить отношения с новым контрагентом ?

Составьте еще один протокол и направьте его арендодателю пусть изучает закон. Ведь он в Вас заинтересован также как и вы в нем.

В крайнем случае подготовьте свой проект договора.