Добрый вечер! Право на получение гражданским персоналом воинских частей и организаций единовременного денежного вознаграждения за добросовестное исполнение должностных обязанностей по итогам календарного года («13 зарплата» как Вы ее назвали) закреплено п. 51 Положения о системе оплаты труда гражданского персонала воинских частей и организаций Вооруженных сил Российской Федерации, утвержденного приказом Министра обороны РФ от 23.04.2014 г. № «О мерах по реализации в Вооруженных Силах Российской Федерации постановления Правительства Российской Федерации от от 5 августа 2008 г. № 583».
Согласно этому же п. 51 Приказа МО РФ: «Гражданскому персоналу, принятому на работу на условиях совместительства, а также работающему неполное рабочее время (день, неделю), размер вознаграждения устанавливается исходя из должностных окладов, ставок заработной платы (тарифных ставок), исчисленных пропорционально отработанному времени, за которое выплачивается вознаграждение».
То есть единовременное денежное вознаграждения за добросовестное исполнение должностных обязанностей по итогам календарного года Вам должно быть выплачено пропорционально отработанному времени, то есть за полгода работы.
Если командование части откажется выплачивать Вам ЕДВ, обращайтесь в суд.