Здравствуйте. Так как у Вас срок трудового договора истёк и зашита была на период беременности и родов, то Вас уволят по истечении срока трудового договора, то есть после окончания больничного по БиР. Тут не увольнение по инициативе работодателя, а просто срок договора истёк.
Статья 79. Прекращение срочного трудового договора
(в ред. Федерального закона от 30.06.2006 N 90-ФЗ)
Срочный трудовой договор прекращается с истечением срока его действия. О прекращении трудового договора в связи с истечением срока его действия работник должен быть предупрежден в письменной форме не менее чем за три календарных дня до увольнения, за исключением случаев, когда истекает срок действия срочного трудового договора, заключенного на время исполнения обязанностей отсутствующего работника.
По оформлению — оформить может и сможете. только после увольнения будете получать уже как неработающая.