Здравствуйте!
Нет, суд не имел права по своей инициативе применить срок исковой давности.
Пункт 2 ст. 199 ГК РФ
Исковая давность применяется судом только по заявлению стороны в споре, сделанному до вынесения судом решения.
В соответствии с пунктом 11 Постановления Пленума Верховного Суда РФ от 29 сентября 2015 г. N 43 «О некоторых вопросах, связанных с применением норм Гражданского кодекса Российской Федерации об исковой давности» Пунктом 2 статьи 199 ГК РФ не предусмотрено какого-либо требования к форме заявления о пропуске исковой давности: оно может быть сделано как в письменной, так и в устной форме, при подготовке дела к судебному разбирательству или непосредственно при рассмотрении дела по существу в суде первой инстанции, а также в суде апелляционной инстанции в случае,… Если заявление было сделано устно, это указывается в протоколе судебного заседания.
Таким образом, поскольку в Вашем деле Ответчик не присутствовал на судебных заседаниях, заявление о пропуске Вами срока исковой давности должно было быть подано им в письменной форме. Подавайте апелляционную жалобу, ссылайтесь на отсутствие в материалах дела письменного заявления Ответчика о применении срока исковой давности.
С уважением, Александр.
Спасибо за ответ!