Здравствуйте, Роман!
НДС вы не платите, так как транзит не считается ввозом и данный налог при транзите не уплачивается.
Статья 151. Особенности налогообложения при ввозе товаров на территорию Российской Федерации и иные территории, находящиеся под ее юрисдикцией, и вывозе товаров с территории Российской Федерации
1. При ввозе товаров на территорию Российской Федерации и иные территории, находящиеся под ее юрисдикцией, в зависимости от избранной таможенной процедуры налогообложение производится в следующем порядке:
3) при помещении товаров под таможенные процедуры транзита, таможенного склада, реэкспорта, беспошлинной торговли, свободной таможенной зоны, свободного склада, уничтожения, отказа в пользу государства и специальную таможенную процедуру, а также при таможенном декларировании припасов налог не уплачивается;
С прибыли при продаже платите налог на прибыль в общем порядке. Если в Азербайджане просто поставляете покупателю и вас там нет никакого представительства, то платите налог только в России.