Здравствуйте Юлия!
Для начала отвечу на последний вопрос — деньги за авто ушли туда куда Вы их оплатили. Если вносили в кассу банка от имени продавца авто, то деньги ушли в банк, если же передали продавцу, то дальнейшая судьба денег зависит от его поведения, и от этого же зависят правовые последствия. Если продавец выполнил условия договора купли-продажи и внёс деньги в банк, то залог прекратился, если же он не оплатил долг, то залог сохранился, и Вы стали залогодателем, так как судьба залога следует судьбе вещи.
В силу закона (статья 223 Гражданского кодекса РФ), переход права собственности к покупателю на движимые вещи, в том числе на авто, происходит в момент передачи самой вещи от продавца к покупателю, а не с момента регистрации или оплаты. Госрегистрация авто не является актом подтверждения права собственности (как при недвижимости), а преследует цель допуска авто к участию в дорожном движении. Так как автомобиль Вам передали, то Вы собственник, и можете защищать свою собственность любыми законными способами, в частности Вы можете через суд оспорить запрет на совершение регистрационных действий, и в последующем зарегистрировать авто.
Удачи!