Здравствуйте, Катерина!
Полагаю, оснований для отказа в выплате по суду нет, т.к. вы без труда докажете факт трудовых отношений, запросив сведения об отчислениях в ПФР по юр.лицу, из которых будет следовать факт начисления вам заработной платы и ее размер. Факт трудовых отношений можно подтвердить и документами из ИФНС, т.к. в ЕГРЮЛ в соответствующие периоды должна быть запись о Вас как о единоличном исполнительном органе. Таким образом, и факт трудовых отношений, и размер заработной платы может быть подтвержден документами из сторонних организаций. Остальное — штатное расписание, личную карточку работника, трудовой договор, приказ об увольнении, приказы о предоставлении отпусков (необходимы для определения размера компенсации за неиспользованный отпуск при увольнении) — следует истребовать через суд у самого работодателя. Торопитесь, т.к. по увольнениям до 03.10.2016 срок обращения в суд за разрешением индивидуального трудового спора составляет 3 месяца.
Также рекомендую письменно обратиться к работодателю о выдаче справки 2-НДФЛ, отказ в предоставлении которой будет дополнительным основанием возмещения вам морального вреда.