Добрый день!
Возможно два варианта действий.
В первом случае подается заявление по форме Р13001 с указанием сведений о выходе из состава учредителей; договор купли-продажи или дарения имущества, принадлежащего учредителям, желающим выйти из состава учредителей, которое находится в оперативном управлении на балансе учреждения; протокол об утверждении новой редакции устава и выходе учредителей; устав с указанием двух оставшихся учредителей; квитанция об уплате госпошлины.
В данном случае, несмотря на то, что выход предусмотрен только для АНО, для образовательных учреждений делается исключение на том основании, что согласно ГК учредитель является собственником учреждения, при смене собственника должен смениться и учредитель, при этом информация об учредителях в уставе должна соответствовать информации, содержащейся в ЕГРЮЛ.
При выборе данного вида действий рекомендую дополнительно проконсультироваться в Управлении Министерства юстиции по Вашему субъекту, так как практика в разных регионах складывается по-разному.
Второй вариант более длительный и составляет по времени около полугода: преобразование в АНО и выход из состава учредителей.
Учредительный договор при регистрации учитываться не может, так как для частных учреждений он не является учредительным документом.
Если Ваша организация находится на территории Воронежа или Воронежской области, мы можем помочь с оформлением всех необходимых документов. Для получения подробной информации напишите нам в чате.