Доброго времени суток, Никита!
Да придется Вам отпрашиваться в Высшем учебном заведении, предъявив повестку из военкомата и прибыть в военкомат по месту прописки не забыв взять справку из университета о том, что вы получаете первое высшее образование по очной форме, это дает Вам право на отсрочку от прохождения воинской службы на время обучения. Примечание: это распространяется на студентов очной формы обучения.
Однако, в дальнейшем Вам следует идти в военкомат по месту временной регистрации (предварительно оформив ее) в городе где проходите обучение, пишите заявление о постановке на воинский учет, тем более закон обязывает это сделать как только гражданин призывного возраста поступил в учебное заведение и поменял место жительства, в двух недельный срок, вас поставят на воинский учет и повестки присылать с вашего военкомата вам больше не будут.
С уважением,
Кирилл Модестов