Налоговый вычет на жилое и нежилое помещение в одном налоговом периоде

получили по наследству,менее 3лет. нежилое никак не использовалось...раньше был небольшой магазин.сейчас стоит заброшенный лет 5.

Если нежилое помещение не использовалось в предпринимательской деятельности, то тогда на Ваш случай распространяется законодательство в отношении налогового вычета, действовавшего на момент вступления в наследство. Как я поняла это произошло менее 3-х лет назад, поэтому Вам положен следующий налоговый вычет .

2. Имущественный налоговый вычет, предусмотренный
подпунктом 1 пункта 1 настоящей статьи, предоставляется с учетом следующих
особенностей:
1) имущественный налоговый вычет предоставляется в размере
доходов, полученных налогоплательщиком в налоговом периоде от продажи жилых домов, квартир, комнат, включая приватизированные жилые помещения, дач, садовых домиков или земельных участков или доли (долей) в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика менее трех лет, не превышающем в целом 1 000 000 рублей, а также в размере доходов, полученных в налоговом периоде от продажи иного имущества (за исключением ценных бумаг), находившегося в собственности налогоплательщика менее трех лет, не превышающем в целом 250 000 рублей;
ст. 220, «Налоговый кодекс Российской Федерации (часть вторая)» от
05.08.2000 N 117-ФЗ (ред. от 05.10.2015) {КонсультантПлюс}

Из смысла данной статьи вытекает, что Вам в отношении квартиры положен налоговый вычет 1.000.000 руб. В отношении данного вычета есть определенный перечень, куда не входят нежилые помещения, поэтому их можно отнести к другому имуществу и получить еще налоговый вычет в размере 250.000 руб. от продажи нежилого помещения, а с остального дохода нужно будет платить налог.