Как избежать депортации при нарушение временной визы?

Евгений, здравствуйте.
Если Ваша жена не регистрировалась по месту жительства, но должна была сделать регистрацию по месту пребывания.
Ответственность предусмотрена ч. 1 ст. 18.8. Кодекса РФ об административных правонарушениях:

влечет наложение административного штрафа в размере от двух тысяч до пяти тысяч рублей с административным выдворением за пределы Российской Федерации или без такового.

При этом жена должна ежегодно подавать уведомление о подтверждении своего проживания в РФ. Двукратная неподача может стать основанием для аннулирования РВП (ВНЖ) и выдворению. Но для этого должны быть постановления о привлечении к ответственности. Если их нет, рисков меньше.
А ещё есть международная конвенция, которая говорит, что интересы семьи должны быть выше мер государственного принуждения.
Мой совет — в ближайшее время оформить регистрацию по месту жительства.