Какие договора нужны для этого между всеми?

Здравствуйте! Счет-фактуру компания Б может выставить Клиенту. Ведь именно с ним заключен договор поставки, он обязуется перечислить предоплату в счет предстоящей реализации, и перечислил ее. То, что он сделал это не лично, а через третье лицо (компания А), роли не играет. Клиент вправе будет так поступить, если в договоре с ним не указано, что оплатить он должен лично (ст. 313 ГК РФ). Именно тогда Клиент вправе воспользоваться вычетом НДС.

Андрей, здравствуйте.

К сожалению это никак не возможно. Исходя из вашего описания, компания Б никак не участвует в поставке товара и не принимает оплату от клиента. Никаких оснований для выставления от нее авансовой счет-фактуры нет и заключением дополнительных договоров ситуацию не исправить.

Согласно п.12 ст. 171 НК РФ

 вычетам у налогоплательщика, перечислившего суммы оплаты, частичной оплаты в счет предстоящих поставок товаров (выполнения работ, оказания услуг), передачи имущественных прав, подлежат суммы налога, предъявленные продавцом этих товаров (работ, услуг), имущественных прав.

Согласно п.9 ст. 172 НК РФ

9. Вычеты сумм налога, указанных в пункте 12 статьи 171 настоящего Кодекса, производятся на основании счетов-фактур, выставленных продавцами при получении оплаты, частичной оплаты в счет предстоящих поставок товаров (выполнения работ, оказания услуг), передачи имущественных прав, документов, подтверждающих фактическое перечисление сумм оплаты, частичной оплаты в счет предстоящих поставок товаров (выполнения работ, оказания услуг), передачи имущественных прав, при наличии договора, предусматривающего перечисление указанных сумм.

Как видите, в соответствии с НК РФ, счет-фактуру на аванс должен выставить продавец товара, при фактическом получении денежных средств от покупателя, при этом данный аванс обязательно должен быть предусмотрено договором. Таким образом, третье лицо, не поставляющее товар и не получающее оплату никак не может выставить счет-фактуру на аванс.