Добрый день.
Да, работодатель может отказать в выплате компенсации.
Согласно ч. 1 ст. 321 ТК РФ, кроме установленных законодательством ежегодных основного оплачиваемого отпуска и дополнительных оплачиваемых отпусков, предоставляемых на общих основаниях, лицам, работающим в районах Крайнего Севера, предоставляются дополнительные оплачиваемые отпуска продолжительностью 24 календарных дня, а лицам, работающим в местностях, приравненных к районам Крайнего Севера, — 16 календарных дней.
В соответствии с ч. 1 ст. 126 ТК РФ часть ежегодного оплачиваемого отпуска, превышающая 28 календарных дней, по письменному заявлению работника может быть заменена денежной компенсацией.
Таким образом, замена части отпуска денежной компенсацией при продолжении трудовых отношений является правом, а не обязанностью работодателя.