Здравствуйте.
Вы можете поступить двумя путями:
1. Взять имущественный вычет — это 1 млн., который не облагается налогом. С разницы, т.е. с 2,5 млн заплатить 13%.
2. Вместо вычета уменьшить доходы на расходы по покупке квартиры, с разницы заплатить 13%. Этот вариант вам более выгоден, вы заплатите 13% с 500 тыс. Но нужны документы о внесении денег при покупке квартиры.
Также стоит отметить, что если вы поставите цену квартиры ниже 0,7 кадастровой стоимости, налоговая посчитает цену квартиры равной именно указанной величине и рассчитает налог от этой стоимости.
Кроме того, если после продажи вы покупаете другую квартиру, то можете получить и вычет при покупке. Вы можете вернуть НДФЛ 13% исходя из стоимости купленной квартиры, но не более 2 млн. рублей (т.е. максимальная сумма НДФЛ к возврату — 260 000 р.). При этом допускается сразу уменьшить подлежащий уплате после продажи квартиры НДФЛ на НДФЛ, подлежащий возврату вам по вычету при покупке, произведя своеобразный зачет.
От стоимости по договору. Если она менее кадастровой стоимости, то налог рассчитывается исходя из кадастровой стоимости с понижающим коэффициентом 0,7.