Отказ банка в открытии второго счета

Дмитрий, добрый день! Если речь об ООО, то согласно ст. 40 Федерального закона от 08.02.1998 N 14-ФЗ «Об обществах с ограниченной ответственностью»

1.Единоличный исполнительный орган общества (генеральный директор,
президент и другие) избирается общим собранием участников общества на срок, определенный уставом общества, если уставом общества решение этих вопросов не отнесено к компетенции совета директоров (наблюдательного совета) общества. Единоличный исполнительный орган общества может быть избран также не из числа его участников.
Договор между обществом и лицом, осуществляющим функции единоличного исполнительного органа общества, подписывается от имени общества лицом,
председательствовавшим на общем собрании участников общества, на котором избрано лицо, осуществляющее функции единоличного исполнительного органа общества, или участником общества, уполномоченным решением общего собрания участников общества, либо, если решение этих вопросов отнесено к компетенции совета директоров (наблюдательного совета) общества, председателем совета директоров (наблюдательного совета) общества или лицом, уполномоченным решением совета директоров (наблюдательного
совета) общества.

ст. 35

1.Внеочередное общее собрание участников общества проводится в случаях,
определенных уставом общества, а также в любых иных случаях, если
проведения такого общего собрания требуют интересы общества и его
участников.
2.Внеочередное общее собрание участников общества созывается
исполнительным органом общества по его инициативе, по требованию совета
директоров (наблюдательного совета) общества, ревизионной комиссии
(ревизора) общества, аудитора, а также участников общества, обладающих в совокупности не менее чем одной десятой от общего числа голосов
участников общества.

В повестку включите вопрос о продлении полномочий единоличного ИО либо о назначении ЕИО

Здравствуйте, Дмитрий. Учредитель — государственный вуз, а не его ректор. Личность ректора никакого значения применительно к вашему вопросу не имеет.

Вопрос: как сформулировать вопрос повестки дня о том, что поменялся не учредитель, а директор учредительной организации и нужно ли это вообще делать?

Никак формулировать не надо. Учредитель как таковой остался без изменений. Произошла только замена лица, действующего без доверенности от имени учредителя. Вам следует подтвердить полномочия нового ректора на право осуществления действий от имени учредителя — госвуза, приложив копию приказа о назначении ректора. На повестке дня сама по себе замена руководителя учредителя никак не может сказаться.