Можем ли мы убрать из договора условие о лицензионном договоре правообладателя?

Добрый день!

Такого рода условие стандартно, убирать его нет никакого смысла.

Дело в том, что Ваш контрагент — посредник, а не правообладатель. И получает он ПО по договору с правообладателем. Получает по лицензионному договору (основная цель именно лицензионного договора — уйти от НДС). При этом любое ПО содержит Лицензионное соглашение с конечным пользователем (ЛСКП, EULA), к которому в электронном виде происходит присоединение при установке ПО. Именно о нем и говорит условие, которое Вас смущает.

Здесь действительно возникает ситуация двух лицензионных договоров, которая не находит удовлетворительного объяснения и решения. Обычно, чтобы уйти от такой явной двойственности, пишут разные формулировки. Например: Условия использования Программного обеспечения могут быть дополнены лицензионным соглашением, заключаемым Заказчиком и правообладателем исключительных прав на Программное обеспечение, путем присоединения или оферты при установке (запуске) Программного обеспечения, в случае, если это предусмотрено лицензионной политикой правообладателя.