Как должна производиться оплата водителю школьного автобуса за дальний рейс?

Здравствуйте!

Согласно трудового договора, на основании части 1 статьи 135 ТК РФ:

Заработная плата работнику устанавливается трудовым договором в соответствии с действующими у данного работодателя системами оплаты труда.

Возможно ему выпишут премию, но и это не факт, т.к. премия, стимулирующие выплаты — это прерогатива руководства. Премирование или депремирование производится согласно локальных актов предприятия водителя. Посмотрите Положение о премировании. Если действия работодателя идут в разрез в тем, что написано в локальных актах, Вы вправе обратиться с жалобой в трудовую инспекцию и прокуратуру.
С Уважением, Надежда.