Кто прав ФНС или организация?

Здравствуйте, уважаемые специалисты! Ситуация следующая :

Филиал нашего ООО получил от головной организации товары по цене приобретения с учетом НДС и реализовал их по месту своего нахождения ( на территории РФ). НДС ,в свою очередь ,был уплачен головным предприятием поставщику данного товара. Но инспекция ФНС

взыскала с нашего филиала ООО НДС и так же налог на прибыль. Мы обратились в Арбитражный суд с иском на действия ФНС.

Пожалуйста, подскажите :

1) В каком порядке инспекция должна была производить зачет и исчисление НДС,

а также налога на прибыль?

2) Кто прав в данной ситуации: Наш филиал или ФНС? Какие шансы разрешения этого спора в нашу сторону?