Какие проблемы на практике возникают при возникновении законодательства, которое нельзя отнести ни к одной отрасли права?

не совсем понятно о чем речь? в случае отсутствия в законодательстве нормы права применяется аналогия права, аналогия закона или обычаи делового оборота.

Статья 6 ГК РФ Применение гражданского законодательства по аналогии

1. В случаях, когда предусмотренные пунктами 1 и 2 статьи 2 настоящего Кодекса отношения прямо не урегулированы законодательством или соглашением сторон и отсутствует применимый к ним обычай, к таким отношениям, если это не противоречит их существу, применяется гражданское законодательство, регулирующее сходные отношения (аналогия закона).
2. При невозможности использования аналогии закона права и обязанности сторон определяются исходя из общих начал и смысла гражданского законодательства (аналогия права) и требований добросовестности, разумности и справедливости.