В соответствии со ст. 1068 ГК РФ юридическое лицо либо гражданин возмещает вред, причиненный его работником при исполнении трудовых (служебных, должностных) обязанностей. Так что возмещать ущерб, причиненный служебным автомобилем, будет организация. И в судебном разбирательстве ответчиком по делу о возмещении ущерба, причиненного в результате ДТП, будет организация. Водитель же будет привлечен в качестве третьего лица на стороне ответчика.
Однако, все это не значит, что организация понесет убытки по вине своего водителя. Согласно ст. 1081 ГК РФ лицо, возместившее вред, причиненный другим лицом (работником при исполнении им служебных, должностных или иных трудовых обязанностей, лицом, управляющим транспортным средством, и т.п.), имеет право обратного требования (регресса) к этому лицу в размере выплаченного возмещения, если иной размер не установлен законом. Правда, если работник добровольно не выплачивает размер ущерба, удерживать эту сумму из его заработка или вознаграждения нельзя, ее можно взыскать только в судебном порядке