Требуется ли согласование федерального Агентства по Рыболовству для заключения договора водопользования на часть морской акватории для размещения плавучих нестационарных объектов?

Формально в соответствии с требованиями Водного Кодекса, для заключения договора водопользования требуется представление материалов в графической форме (в том числе схемы размещения гидротехнических и иных сооружений, расположенных на водном объекте, а также зон с особыми условиями их использования) и пояснительная записка к ним.

Но в Вашем случае речь идет об использовании плавучих средств, которые сооружениями не являются.

Соответственно в этой части отказ в заключении договора не основан на законе. Другое дело, что в Вашем случае право на заключение договора может быть получено по результатам проведения аукциона.

Пунктом 1 Приложения № 8 Правил освидетельствования судов в эксплуатации
Руководство Р.035Ч 2010, утвержденных приказом Российского речного
регистра от 02.07.2010 г. N 38-П, установлено, что в правилах
Российского Речного Регистра используются следующие общие термины и
сокращения: 32 Стоечное судно — судно, постоянно эксплуатирующееся у
берега, оборудованное надежными путями для эвакуации людей на берег
(дебаркадеры; причальные понтоны; плавучие гостиницы, общежития, дома
отдыха, рестораны; плавучие ремонтные мастерские, насосные станции и
т.п.).
В приложении № 1 Технического регламента «О безопасности
объектов внутреннего водного транспорта, утвержденного Постановлением
Правительства Российской Федерации от 12.08.2010 г. № 623 (далее
Регламент), в разделе 1 под кодом ОКП 7429809 к судам отнесены «причалы
плавучие, понтоны речные». В приложении 1 к этому перечню указано, что
объекты регулирования, указанные в том числе в разделе 1 подлежат оценке
соответствия в форме классификации.
понтон по типу относится к стоечному судну, по назначению причальный. По своим
техническим данным суда подлежат регистрации в Государственном судовом
реестре ФБУ «Администрация водных бассейнов» и классификации и
освидетельствованию в Российском Речном Регистре. Поскольку железобетонные плавучие причалы не являются гидротехническими сооружениями, они участвует в процессе судоходства, предназначены для безопасной стоянки судов, посадки и высадки пассажиров, то они относятся к несамоходным стоечным судам.

Зарегистрируйте их как несамоходные, потом с этими документами приходите для заключения договора. Отказать Вам не должны, так как у Вас на руках будут документы, подтверждающие что это несамоходные плавсредства, а не сооружения.