Может ли погашенная судимость быть отказом для прохождения на муниципальную службу?

Не может.

Отказать могут если Вы осуждены к наказанию исключающему возможность исполнения должностных обязанностей (находитесь в местах лишения свободы, под домашним арестом, в приговоре указано ограничение на замещение должности муниципальной службы).
Основание: Федеральный закон от 02.03.2007 N 25-ФЗ (ред. от 28.11.2015) «О муниципальной службе в Российской Федерации»
Статья 13. Ограничения, связанные с муниципальной службой
1. Гражданин не может быть принят на муниципальную службу, а муниципальный служащий не может находится на муниципальной службе в случае:
1) признания его недееспособным или ограниченно дееспособным решением суда, вступившим в законную силу;
2) осуждения его к наказанию, исключающему возможность исполнения должностных обязанностей по должности муниципальной службы, по приговору суда, вступившему в законную силу;
3) отказа от прохождения процедуры оформления допуска к сведениям, составляющим государственную и иную охраняемую федеральными законами тайну, если исполнение должностных обязанностей по должности муниципальной службы, на замещение которой претендует гражданин, или по замещаемой муниципальным служащим должности муниципальной службы связано с использованием таких сведений;
4) наличия заболевания, препятствующего поступлению на муниципальную службу или ее прохождению и подтвержденного заключением медицинской организации. Порядок прохождения диспансеризации, перечень таких заболеваний и форма заключения медицинской организации устанавливаются уполномоченным Правительством Российской Федерации федеральным органом исполнительной власти;
5) близкого родства или свойства (родители, супруги, дети, братья, сестры, а также братья, сестры, родители, дети супругов и супруги детей) с главой муниципального образования, который возглавляет местную администрацию, если замещение должности муниципальной службы связано с непосредственной подчиненностью или подконтрольностью этому должностному лицу, или с муниципальным служащим, если замещение должности муниципальной службы связано с непосредственной подчиненностью или подконтрольностью одного из них другому;
6) прекращения гражданства Российской Федерации, прекращения гражданства иностранного государства — участника международного договора Российской Федерации, в соответствии с которым иностранный гражданин имеет право находится на муниципальной службе, приобретения им гражданства иностранного государства либо получения им вида на жительство или иного документа, подтверждающего право на постоянное проживание гражданина Российской Федерации на территории иностранного государства, не являющегося участником международного договора Российской Федерации, в соответствии с которым гражданин Российской Федерации, имеющий гражданство иностранного государства, имеет право находится на муниципальной службе;
7) наличия гражданства иностранного государства (иностранных государств), за исключением случаев, когда муниципальный служащий является гражданином иностранного государства — участника международного договора Российской Федерации, в соответствии с которым иностранный гражданин имеет право находится на муниципальной службе;
8) представления подложных документов или заведомо ложных сведений при поступлении на муниципальную службу;
9) непредставления предусмотренных настоящим Федеральным законом, Федеральным законом от 25 декабря 2008 года N 273-ФЗ «О противодействии коррупции» и другими федеральными законами сведений или представления заведомо недостоверных или неполных сведений при поступлении на муниципальную службу;
10) признания его не прошедшим военную службу по призыву, не имея на то законных оснований, в соответствии с заключением призывной комиссии (за исключением граждан, прошедших военную службу по контракту).
1.1. Гражданин не может быть назначен на должность главы местной администрации по контракту, а муниципальный служащий не может замещать должность главы местной администрации по контракту в случае близкого родства или свойства (родители, супруги, дети, братья, сестры, а также братья, сестры, родители, дети супругов и супруги детей) с главой муниципального образования.
(часть 1.1 введена Федеральным законом от 21.10.2011 N 288-ФЗ; в ред. Федерального закона от 04.03.2014 N 23-ФЗ)
2. Гражданин не может быть принят на муниципальную службу после достижения им возраста 65 лет — предельного возраста, установленного для замещения должности муниципальной службы.