Может командир препятствовать переводу военнослужащего на вышестоящую должность в другую часть?

Здравствуйте.В Вашем случае решение остаётся за командиром части.
Указ Президента РФ от 16.09.1999 N 1237 (ред. от 20.10.2015) «Вопросы прохождения военной службы» (вместе с «Положением о порядке прохождения военной службы») статья 15. Порядок перевода к новому месту военной службы
1. Военнослужащий может быть переведен к новому месту военной службы из одной воинской части в другую (в том числе находящуюся в другой местности) в пределах Вооруженных Сил Российской Федерации (других войск, воинских формирований или органов, воинских подразделений федеральной противопожарной службы) в следующих случаях:
(в ред. Указов Президента РФ от 17.04.2003 N 444, от 02.01.2015 N 3)
(см. текст в предыдущей редакции)
а) по служебной необходимости;
б) в порядке продвижения по службе;
в) по состоянию здоровья в соответствии с заключением военно-врачебной комиссии;
г) по семейным обстоятельствам по личной просьбе (для военнослужащих, проходящих военную службу по контракту);
д) по личной просьбе (для военнослужащих, проходящих военную службу по контракту);
е) в связи с организационно-штатными мероприятиями;
ж) в связи с плановой заменой (для военнослужащих, проходящих военную службу по контракту);
з) в связи с зачислением в военно-учебное заведение, адъюнктуру, военную докторантуру;
и) в связи с отчислением из военно-учебного заведения, адъюнктуры, военной докторантуры;
к) если с учетом характера совершенного преступления военнослужащий, которому назначено наказание в виде ограничения по военной службе, не может быть оставлен в должности, связанной с руководством подчиненными.