Добрый вечер. Все же в Вашем споре права налоговая.
Поскольку в ЕГРЮЛ подлежат внесению изменения сведения о количественном составе участников ООО и увеличении УК, что прописано в п.п. «д», «к» п. 1 ст. 5 ФЗ № 129
сведения об учредителях (участниках) юридического лица, в отношении акционерных обществ также сведения о держателях реестров их акционеров, в отношении обществ с ограниченной ответственностью — сведения о размерах и номинальной стоимости долей в уставном капитале общества, принадлежащих обществу и его участникам, о передаче долей или частей долей в залог или об ином их обременении, сведения о лице, осуществляющем управление долей, переходящей в порядке наследования;
размер указанного в учредительных документах коммерческой организации уставного капитала (складочного капитала, уставного фонда, паевых взносов или другого);
следует исходить из положения п. 5 ст. 5, обязывающего
Если иное не установлено настоящим Федеральным законом, юридическое лицо в течение трех рабочих дней с момента изменения указанных в пункте 1 настоящей статьи сведений,за исключением сведений, указанных в подпунктах «м», «о», «р», а также за исключением случаев изменения паспортных данных и сведений о месте жительства учредителей (участников) юридического лица — физических лиц, лица, имеющего право без доверенности действовать от имени юридического лица, сообщить об этом в регистрирующий орган по месту своего соответственно нахождения и жительства.
Более того, иного срока предоставления соответствующих сведений данным закономне установлено.
Представление документов для регистрации изменений, вносимых в учредительные документы юридического лица, и (или) внесения в единый государственный реестр юридических лиц изменений, касающихся сведений о юридическом лице, но не связанных с изменениями учредительных документов юридического лица, осуществляются в порядке, предусмотренном статьей 9.
коллеги обратите внимание на форму заявления, которую подает клиент и с чем она связана
поскольку из вопроса не следует, что одновременно с 13 формой подается 14, то говорить он правоте ФНС несколько поспешно, на мой взгляд.