Здравствуйте!
При занижении цены, необходимо учитывать требования НК РФ относительно взаимозависимости. В частности статьей 105.3 НК РФ установлено:
1. В случае, если в сделках между взаимозависимыми лицами создаются или устанавливаются коммерческие или финансовые условия, отличные от тех, которые имели бы место в сделках, признаваемых в соответствии с настоящим разделом сопоставимыми, между лицами, не являющимися взаимозависимыми, то любые доходы (прибыль, выручка), которые могли бы быть получены одним из этих лиц, но вследствие указанного отличия не были им получены, учитываются для целей налогообложения у этого лица.
…
Для целей настоящего Кодекса цены, применяемые в сделках, сторонами которых являются лица, не признаваемые взаимозависимыми, а также доходы (прибыль, выручка), получаемые лицами, являющимися сторонами таких сделок, признаются рыночными.
ООО и физлицо могут быть взаимозависимыми, например, когда оно участвует в ООО, либо является его должностным лицом, либо близким родственником (полный перечень в ст. 105.1 НК РФ (http://base.consultant.ru/cons/cgi/online.cgi?req=doc;base=LAW;n=180995)
При наличии взаимозависимости и занижения цены, ИФНС самостоятельно производит корректировку налоговой базы до уровня налога, который обычно уплачивают при сопоставимых условиях (сделки купли-продажи схожей недвижимости в Вашем городе) и может привлечь к налоговой ответственности по ст. 122 НК РФ.
Также, если сделка крупная, а обычно продажа основных средств — это крупная сделка (не менее 25 % от активов ООО) или с заинтересованностью (тоже что и взаимозависимость) надо получать согласие общего собрания учредителей (или совета директоров — зависит от того, кто компетентен решать этот вопрос, что можно выяснить по Уставу). Иначе такую сделку можно оспорить.
Дополню по обзору Федерального закона от 29 ноября 2014 г. N 382-ФЗ «О внесении изменений в части первую и вторую Налогового кодекса Российской Федерации»
Дополнительно введен понижающий коэффициент 0,7 к кадастровой стоимости недвижимости, если доходы от ее продажи меньше, чем кадастровая стоимость по состоянию на 1 января года, в котором зарегистрирован переход права собственности, умноженная на 0,7. Однако положение не применяется, если кадастровая стоимость на указанную дату не определена.
То, есть с 1 января 2016 года, если стоимость по договору купли-продажи ниже кадастровой, то налог будет рассчитан как кадастровая стоимость умноженная на понижающий коэффициент 0,7.