1) в 1995 году не было «межевых дел». Максимум — землеустроительное дело.
2) что значит «прошло регистрацию»?
3) в какое дело был «вложен документ»? Где это дело находилось?
4) что произошло с земельным участком в 2003 году? Возможно какие-то изменения были?
Просто так никто в дело находящееся в архиве (предположительно) ничего не вложил бы. Возможно менялась система координат с последующим пересчетом. Возможно тот самый документ «для служебного пользования» — это описание земельных участков, они как раз в те года оформлялись для Земельной кадастровой палаты.
Уточните Ваш вопрос, для более подробной консультации.