Приветствую, Виталий Иванович!
Чтобы Вам зачли в стаж период деятельности в качестве индивидуального предпринимателя, Вам надо оспорить в суде решение ПФР об отказе зачесть этот период в стаж. Сделать это можно только в течение трех лет с даты, когда Вам стало известно об этом отказе. Если этот отказ Вы получили в январе-феврале-марте (первой половине месяца) 2012 г., то срок исковой давности на данный момент уже пропущен. Если срок еще не пропущен, подавайте иск в суд (за помощью обратитесь к юристу). После получения решения суда об удовлетворении Ваших исковых требований Вам будут обязаны сделать перерасчет.