Дежурный по части при встрече Командира одетого в гражданскую форму одежды подает команду смирно?

Добрый день!

Воинское приветствие является воплощением товарищеской
сплоченности военнослужащих, свидетельством взаимного уважения и проявлением
вежливости и воспитанности.

Все военнослужащие обязаны при встрече (обгоне) приветствовать
друг друга, соблюдая правила, установленные Строевым уставом
Вооруженных Сил Российской Федерации.

Подчиненные (младшие по воинскому званию)
приветствуют первыми начальников (старших по воинскому званию), а при равном
положении первым приветствует тот, кто считает себя более вежливым и
воспитанным.

Ничего о Вашем случае в Уставах нет, так что видимо надо руководствоваться положением о том, кто более вежлив.

Удачи Вам!

Здравствуйте! Командир всегда остается командиром, неважно во что он одет! Подается.