Здравствуйте, Гурген.
Я вел очень похожее дело в 2010-2012 годах. Прошли все инстанции вплоть до Высшего арбитражного суда. Везде выиграли.
Могу Вам сказать, что сам факт регистрации ПО особого значения не имеет, т.к. регистрация ПО у нас не обязательна и не влияет на возникновение права. Хотя наличие свидетельства о регистрации все-таки несколько «успокаивающе» действует на судей. Если ПО зарегистрировано и его исходный текст не большой, то есть шанс, что при регистрации был предоставлен полный текст программы для депонирования в Роспатенте. Тогда Вам нужно затребовать из Роспатента исходные тексты двух спорных программ и заказать сравнительную экспертизу. Истребовать тексты можно или в судебном порядке или в рамках проверки правоохранительных органов по Вашему обращению. Если экспертиза подтвердит, что программы идентичны или что одна программа создана путем переработки первой, то шансы в суде есть + есть шанс привлечь нарушителя к административной или уголовной ответственности в зависимости от ущерба.
В качестве рекомендаций: для начала напишите претензию в компанию, которая нарушает права, затем обратитесь в местное отделение полиции с заявлением. Скажу откровенно, в полиции такие заявления не любят и работать с ними по большому счету не умеют, поэтому придется их «контролировать» на этапе проверки: смотреть за точным соблюдением сроков, обжаловать действия, добиваться полномасштабной работы по заявлению, может придется-что-либо подсказать по технической части им. Можно параллельно подать иск в арбитражный суд. Но для этого нужно собрать хотя бы начальную доказательственную базу. В том деле, о котором я говорил в начале поста, нам удалось добиться признания надлежащим доказательством служебной переписки через ICQ. К иску можно приложить копию обращения в полицию с отметкой о принятии и иные значимые материалы от правоохранителей, если они уже будут у Вас на руках.
Такие дела тяжело идут на практике, но если набраться терпения и хороших доказательств, то, как показывает практика, можно достичь положительного результата.