Алексей, здравствуйте!
Согласно ст. 314 Гражданского кодекса РФ,
Статья 314. Срок исполнения обязательства
1. Если обязательство предусматривает или позволяет определить день его исполнения или период времени, в течение которого оно должно быть исполнено, обязательство подлежит исполнению в этот день или, соответственно, в любой момент в пределах такого периода.
Доп. соглашение является неотъемлемой частью договора (ДДУ). Подписав его, Вы изменили условия договора в части срока передачи квартиры застройщиком участнику долевого строительства.
Исходя из приведенных Вами условий договора, он позволяет определить крайний срок передачи квартиры — 31 сентября.
Следовательно с 01 октября будет исчисляться просрочка исполнения застройщиком обязательства по передаче квартиры.