Если квартира менее 3-х лет в собственности

«Чем я рискую? „

Вы в данном случае не рискуете, так как в случае, если продавец решит оспорить сделку, в случае её расторжения сможет претендовать на сумму указанную в договоре. 

Минус для Вас: если вы решите вернуть налоговый вычет, сможете это сделать только в отношении 990т.

“Смогу ли я, если мне понадобится, ее продать через несколько лет дороже этой стоимости?»

Нет ограничений по этому критерию.

Как проверить чистоту квартиры?

Есть специальные службы, занимающиеся таким вопросом. 

Как узнать может с теми предыдущими собственниками было что-то не так, при покупке мной квартиры это может отразиться?

Может.

Чтобы узнать чистоту квартиры мне надо узнавать про всех собственников этой квартиры за всю ее историю? Как это узнать?

Попросите нынешнего собственника предоставить Вам Выписку из ЕГРП о переходе права собственности на эту квартиру. Так вы хотя бы увидите сколько именно собственников было до вас. Чем больше переходов прав, тем больше сомнений в отношении чистоты сделки.