Здравствуйте, Татьяна! Если вопрос относительно обязательности выдачи свидетельства вместо сертификата (или наоборот) имеет существенное значение, существует возможность заключения дополнительного соглашения к Договору с организацией.
С другой стороны, если Договор содержит в качестве приложения текст подлежащего выдаче свидетельства, а в основном тексте Договора содержится указание на сертификат, заключение дополнительного соглашения не обязательно, поскольку в таком случае по смыслу Договора предполагается выдача свидетельства.