Олег, добрый день!
Есть два способа выхода второго участника из ООО:
1) Он может продать вам свою долю в уставном капитале. При этом сделка купли-продажи подлежит нотариальному удостоверению.
2) Он может выйти из Общества путем направления заявления о выходе в простой письменной форме. Далее его доля переходит к Обществу, а вы, как единственный участник, распределяете ее в свою пользу.
Второй способ предпочтительнее, т.к. предполагает меньше расходов (не нужно оплачивать нотариальную сделку купли-продажи). Заверить у нотариуса нужно будет только вашу подпись на заявлении по форме р14001 и сделать доверенность, если будете подавать документы в налоговую не вы сами.
Могу со своей стороны оказать помощь в подготовке документов на регистрацию.
С уважением, Юлия Сушинская
yuliya_sushinskaya@bk.ru